Hòn Mun là một trong những hòn đảo thơ mộng nhất trong hệ thống đảo của Nha Trang. Hòn Mun cách cảng Cầu Đá 10 km (khoảng 45 phút đi tàu). Không chỉ hấp dẫn bởi cát trắng, biển xanh, những tổ yến hoang sơ trên cheo leo vách đá… nơi đây còn nổi tiếng là một trong những "thủy cung" "giàu và đẹp" nhất của biển Đông Nam Á. Nơi đây còn nổi tiếng có nhiều dịch vụ biển và khám phá biển bằng tàu đáy kính và dịch vụ lặn biển. Được gọi là Hòn Mun vì phía Đông Nam của đảo có những mỏm đá nhô cao, vách dựng hiểm trở tạo thành hang động, đặc biệt đá ở đây đen tuyền như gỗ mun, rất hiếm thấy ở những nơi khác.

Hòn Một là đảo nhỏ nhất trong vịnh Nha Trang, diện tích dưới 1 km². Người dân ở đây sống bằng nghề đánh bắt và nuôi trồng hải sản. Hòn Một là một trong số đảo hiếm hoi của Việt Nam vừa có thể nuôi hải sản, vừa có thể trồng cây công nghiệp lâu năm (dừa, xoài, điều...).

Hòn Tằm (đảo Thủy Kim Sơn) là một đảo rộng hơn 110ha nằm trong vịnh Nha Trang - một trong 29 vịnh đẹp nhất thế giới. Đảo Hòn Tằm chỉ cách thành phố Nha Trang 7 km về phía Đông Nam và rất dễ dàng di chuyển ra vào đảo. Từ cầu cảng Hòn Tằm, nếu đi ca nô mất chừng 10 phút, đi du thuyền mất chỉ 5 phút. Được thiên nhiên ưu ái ban tặng vẻ đẹp nguyên sơ và thuần khiết cùng với địa thế nằm giữa vùng biển trong xanh bốn mùa đầy nắng gió, đảo Hòn Tằm trở thành địa điểm lý tưởng cho những ai yêu thích du lịch sinh thái và nghỉ dưỡng.

Tên gọi Hòn Tằm cũng mang ý nghĩa tượng hình do người dân chài thuở xa xưa đặt vì hòn đảo trông giống như một con tằm màu xanh lục, đầu hướng về phía Đông.

Hòn Tre là đảo lớn nhất nằm trong vịnh Nha Trang. Đảo có diện tích trên 32.5 km², cách thành phố Nha Trang 5 km về phía Đông và cách cảng Cầu Đá 3,5 km, cư dân chủ yếu là khách du lịch và ngư dân. Theo ước tính dân số thường trú trên đảo khoảng trên 1500 người tập trung ở 2 thôn lớn là Bích Đầm và Vũng Áng. Đảo có những bãi biển nhỏ, hoang sơ, thảm thực vật gồm rừng cây nhỏ

Hòn Nội & Hòn Ngoại còn gọi là đảo Yến đơn giản vì nơi đây yến tập trung làm tổ rất nhiều. Hòn Nội, hòn Ngoại là 2 trong số nhiều hòn đảo có yến tập trung làm tổ nhiều nhất trong hệ thống các đảo ở Nha Trang. Đến hòn Nội tham quan du khách sẽ được tận mắt chứng kiến chim yến làm tổ ở những vách đá, tham quan Đền thờ tổ yến, và tìm hiểu lịch sử hình thành ngành làm yến sào nơi đây. Ngoài ra, bạn còn có thể men theo những bậc thang đá để lên đỉnh núi Du Hạ, cao khoảng 90m. Đây là một vị trí lý tưởng cho những ai muốn ghi lại những hình ảnh đẹp về thiên nhiên đảo yến. Từ đỉnh Du Hạ, du khách thỏa thích phóng tầm mắt chiêm ngưỡng biển trời, những khối đá với những hình thù kỳ dị giữa không gian mênh mông.